יבולים מהונדסים גנטית מקודמים על בסיס טענות מרחיקות לכת מהתעשייה ותומכיה. כגון :
בני אדם גרמו לשינויים גנטיים ביבולים זה מאות שנים והנדסה גנטית לא שונה בכך.
יבולים מהונדסים גנטית בטוחים לצריכה ע"י בני אדם ובעלי חיים ולא מאווים סכנה לסביבה.
יבולים מהונדסים גנטית מגדילים את כמות היבולים ומפחיתים את השימוש בקוטלי חרקים.
הנדסה גנטית תייצר יבולי-על שיהיו עמידים לבצורת, חסינים מפני מזיקים ומחלות וישפרו את הערך התזונתי.
יבולים מהונדסים גנטית הם בעלי חשיבות כמקור להאכלת אוכלוסיית העולם.
למרות זאת, על סמך ראיות, טענות אלו מוליכות שולל. ההנדסה הגנטית היא תהליך שונה לחלוטין מגידול טבעי והשבחה באמצעות הכלאות, וכרוך בסיכוים שונים. התהליך גורם לשינויים לא צפויים ב-דנ"א, בחלבונים ובהרכב הביוכימי של היבול המהונדס שיכול להוביל להשפעות רעילות לא צפויות או אלרגניים ולהפרעות תזונתיות.
אין הסכמה מדעית שיבולים מהונדסים גנטית הם בטוחים. בעיקר כאשר אנו לוקחים בחשבון את הקהילה המדעית העצמאית אשר לא קשורה לתעשיית המזון המהונדס. מחקרים טוקסיקולוגים בחיות מעבדה ובחיות משק חשפו השפעות מזיקות ובלתי צפויות מאכילה של מזון מהונדס, חלקם כבר נמצאים בחנויות לשימוש בני אדם ולהאכלת חיות משק. מבין התופעות הבולטות ביותר הם הפרעות בתפקוד הכבד והכליות.
רבים ממחקרים אלה, כולל כמה שנערכו ע"י תעשיית המזון המהונדס ואחרים שהוסמכו ע"י האיחוד האירופאי טוענים באופן מטעה ע"י תומכי המזון המהונדס, שיבולים מהונדסים גנטית הם בטוחים בעוד שלמעשה הם מראים השפעות מזיקות. בחלק מהמקרים מצדדי היבול המהונדס הודו שנמצאו הבדלים משמעותיים בתנאי מעבדה במזון זה אבל דחו אותם כ-"לא רלוונטיים מבחינה ביולוגית". עם זאת הגדרות אלו הם חסרי משמעות מבחינה מדעית.
רוב מחקרי הזנת בעלי חיים ביבול מהונדס גנטית היו קצרים יחסית. בין חודש עד שלושה חודשים, הנקראים מבחינה טכנית מחקרים לטווח בינוני. מה שדרוש זה מחקרים לטווח ארוך ורב דורות כדי לראות אם הסימנים המדאיגים של רעילות אשר נצפו במחקרים לטווח בינוני מתפתחים למחלות רציניות. מחקרים ארוכי טווח אלו אינם נחוצים מחברות הביוטכנולוגיה ע"י רגולטורים ממשלתיים באף מקום עולם.
זאת וליקויים נוספים של משטר הפיקוח על יבולים מהונדסים ומזונות מהונדסים מראה על חולשת הרגולטורים בלהגן על הצרכנים מסכנות פוטנציאליות שטמונות בטכנולוגיה זו.
הרגולציה היא חלשה ביותר בארה"ב ולקויה ברוב העולם, כולל אירופה.
יבולים מהונדסים גנטית לא מילאו את הבטחותיהם ועל פי הראיה הנוכחית זה נראה לא סביר שהן יספקו פתרונות בר קיימא לבעיות העומדות בפני האנושות, כגון רעב ושינויי אקלים.
טענות שטכנולוגית המזון המהונדס יעזור להאכיל את העולם אינן אמינות לאור העובדה שטכנולוגית המזון המהונדס לא הגדילה את התשואה הפנימית של יבולים. בעוד שתשואות לגידולים עיקריים אכן גדלו בעשרות השנים האחרונות אך הן תוצאה של הכלאות ושיטות קונבנציונאליות ולא בזכות היבול המהונדס.
כמו כן, הרוב המכריע של יבולים מהונדסים מגודלים בקני מידה גדול במדינות עשירות, יבולים כגון סויה ותירס. כמה יבולים מהונדסים גם פותחו עבור חקלאים בקנה מידה קטן באפריקה כמו תפוחי אדמה מתוקים וזני קסאווה שנועדו להיות עמידים לווירוסים, אך אלה נכשלו כישלון חרוץ. בניגוד לכך, פרוייקטים שהשתמשו בשיטות גידול קונבנציונאליות הצליחו אף שעלותם הייתה מזערית מעלות הפרוייקטים של היבול המהונדס.
היבולים המהונדסים לא הפחיתו את השימוש בחומרי הדברה, אלא הגדילו אותו. במיוחד האימוץ הנרחב ביבולי "ראונדאפ" הוביל להסתמכות יתר של "קוטלי עשבים", מה שהוביל להתפשטות של עשבים עמידים. זה בתורו דרש מחקלאים לרסס עוד יותר "קוטלי עשבים" ותערובות כימיקליים בניסיון לשלוט בעשבים.
"ראונדאפ" הוא לא בטוח ולא שפיר. זה כבר נמצא כגורם למומים בחיות מעבדה. כרעיל לבני אדם גם במינונים נמוכים מאוד. גורם לפגיעה גנטית בבני אדם ובבעלי חיים. מחקרים אפידמיולוגיים מצאו קשר בין חשיפה ל-"ראונדאפ" ולמחלת הסרטן. לידות מוקדמות והפלות והתפתחות נוירולוגית פגומה בבני אדם. בנוסף יישומי "ראונדאפ" יכולים לגרום לעלייה במחלות צמחים כולל זיהום של פטריות טפיליות, פוזאריום, שמשפיעות רעה על התשואות, כמו כן מייצרת רעלנים שיכולים להיכנס לשרשרת המזון ושיכולים להשפיע על בריאות האדם וחיות המשק.
בגלל כישלון ה- "ראונדאפ" נגד עשבים עמידים, תעשיית הביוטכנולוגיה מפתחת יבולים שיוכלו לעמוד אל מול "קוטלי עשבים" רעילים אף יותר. יבולים אלה יובילו להסלמה מיידית בשימוש בקוטלי עשבים אלה.
נטען לעיתים קרובות שיבולים מהונדסים מפחיתים את הצורך בריסוסים כימיים כקוטלי חרקים. אך הפחתות אלו כאשר הן מתרחשות, הן ברוב המקרים זמניות בלבד. עמידות מופיעה בחרקים ומזיקים ואפילו כאשר מתגברים על המזיקים המקוריים, מופיעים מזיקים משניים. התפתחויות אלו מראות כי טכנולוגיית מזון מהונדס זה היא לא ברת קיימא. בנוסף לכך יבולים מהונדסים גנטית מכילים בתוך עצמם רעלנים שמשמשים כדוחי חרקים, אז אפילו שהם פועלים כמתוכנן הם לא פתרון אלא הם פשוט משנים את הדרך שבה משתמשים בחומרי הדברה.

תומכי המזון המהונדס טוענים לעיתים קרובות שיבולים אלה בטוחים בגלל שריסוסים דוחי חרקים שומשו בבטחה במשך עשורים, אבל רעלנים אלה שמקודדים בתוך המבנה הגנטי של יבולים אלה הוא שונה מאוד מריסוסים. הרעלנים שמקודדים במבנה הגנטי של היבולים לא תמיד "נשברים" במערכת העיכול ונמצאו כבעלי השפעה רעילה על חיות מעבדה וחיות שאכלו בשדה הפתוח מיבול זה.
תומכי המזון המהונדס זמן רב הבטיחו גידולים שיתאימו לתנאי סביבה קשים. אך גידול קונבנציונלי היה הרבה יותר מוצלח מטכנולוגיית המזון המהונדס בייצור יבול כזה.
נטען לעיתים קרובות שיבול מהונדס גנטית בתוספת ריסוסים עדיף בגלל שאין צורך לנכש את האדמה מעשבים שוטים. אך אימוץ שיטות אלה נמצאו כמגבירות את ההשפעה השלילית על הסביבה של גידולי סויה בגלל השימוש בקוטלי עשבים.
על פי הראיות שיש לנו כיום זה ברור שטכנולוגיית המזון המהונדס נכשלה לספק את הבטחותיה. טכנולוגיית המזון המהונדס הוא ביסודו לא בטוח ומציבה סיכונים מוכחים לבריאות בעלי החיים והאדם, כמו גם על הסביבה. הטענות ליתרונות של היבולים המהונדסים מוגזמות ביותר וטכנולוגיית המזון המהונדס הראה שאינו בר קיימא לטווח הארוך.
אין זה הכרחי לקחת את הסיכונים שמציבים יבולים מהונדסים כאשר גידול קונבנציונלי שנעזר ע"י השבחה של ברירה טבעית והכלאות ממשיכים בהצלחה להניב יבול בעלי תשואה רבה, עמידים מפני בצורת, עמידים בתנאי סביבה משתנים, עמידים מפני מחלות ומזיקים, וגם מזינים. גידול קונבנציונאלי, הגיוון הביולוגי של יבולים שפותחו ע"י חקלאים ברחבי העולם, ושיטות של חקלאות מודרנית הוכחו כשיטות אפקטיביות לענות על צרכי המזון הנוכחיים והעתידיים שלנו.